Cygwin é um ambiente Linux para Windows. Ele consiste de uma DLL (cygwin1.dll) que age como uma camada de emulação fornecendo um sistema POSIX (Portable Operating System Interface) substancial com funcionalidades e uma coleção de ferramentas no estilo e no visual do Linux. Em outras palavras, ele auxilia os desenvolvedores na migração de aplicativos do UNIX/Linux para a plataforma Windows.
O programa não é uma maneira de rodar aplicativos nativos do Linux no Windows: você deve reconstruir seus aplicativos no código fonte se desejar rodá-los no Windows. Muito menos um recurso mágico que torna aplicativos nativos do Windows capazes de rodar funcionalidades UNIX como signals, ptys, etc. Novamente, a única maneira de fazer isso é reconstruindo o código para aproveitar as funcionalidades.
Vale tomar nota que, por padrão, o arquivo setup.exe não instala tudo: apenas a base da distribuição Cygwin é instalada. Ao rodar o executável, clicando nas categorias e pacotes você escolhe as instalações e atualizações necessárias.
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